Инициатором постройки церкви стало греческое население Батуми во главе с Иорданом Метаксой. C просьбой о разрешении на строительство христианской церкви греки обратились к турецкому султану. Султан дал свое согласие с тем условием, что в церкви не будет колоколов - главного атрибута православного собора. Фундамент церкви был заложен в 1865 году. В 1878 году в церкви был установлен колокол, который до сегодняшнего дня украшает купол собора. В 2011 году в здании были проведены реабилитационные работы, и на сегодняшний день это один из главных действующих храмов в городе.